رکوردهای مرتبط با این شخص

آنالیز بیوانفورماتیکی نحوه ی برهم کنش DNA با دسته ای از مشتقات –N هتروآریل استیک اسید به عنوان ترکیبات ضد سرطان (1401) / علوی زاده ، زهرا السادات، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه علوی زاده ، زهرا السادات، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭44 عنوان : آنالیز بیوانفورماتیکی نحوه ی برهم کنش DNA با دسته ای از مشتقات –N هتروآریل استیک اسید به عنوان ترکیبات ضد سرطان عنوان موازی : in silico studies on DNA-ligand Interaction of some N-heteroaryl Acetic acid derivatives as Anti cancer agents ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1401 صفحه شمار: 93ص شابک/شاپا 24952 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد :رشته ژنتیک شناسه افزوده : زمانزاده ، زهرا، استاد راهنما اسدزاده ، عزیزه، استاد مشاور توصیفگرها بیوانفورماتیک، سرطان، استیک¬اسید، N-هتروآریل، داکینگ مولکولی،DNA  cancer, Bioinformatics, acetic acid, N-heteroaryl, Molecular docking،DNA چکیده : سرطان یکی از مهم¬ترین بیماری¬های ژنتیکی است که در اثر رشد و تکثیر کنترل نشده¬ی سلول¬ها در بدن اتفاق می¬افتد. طبق مطالعاتی که در سال 2018 انجام شده است، مشخص شده که سرطان عامل 16 درصد کل مرگ¬ومیرها است. لذا، یافتن ترکیبات ضدسرطان یکی از موضوعات مهم پژوهشی به شمار می-رود. امروزه هدف قرار دادن DNA در راس درمان¬های ضدسرطان قرار دارد. بنابراین داروهای متصل¬شونده به DNA و نحوه¬ی برهم¬کنش آن¬ها با DNA مورد توجه بسیاری از محققان قرار گرفته است. Miner groove bindersها گروهی از ترکیبات ضدتوموری هستند که از طریق اتصال به شیار کوچک DNA می¬توانند اثرات خود را اعمال کنند. MGBsها از روش¬های مختلفی می¬توانند باعث مرگ سلول¬های سرطانی شوند. بنابراین، درک جزییات نحوه¬ی تعامل آن¬ها با DNA ضروری به نظر می رسد. هدف از این مطالعه نحوه¬ی برهم¬کنش دسته¬ای از مشتقات N-هتروآریل¬ استیک¬اسید (4-بنزیل-1-کربوکسی متیل-پیریدینیوم، 4-ترشیوبوتیل-1- (کربوکسی متیل) پیریدینیوم، 1- (کربوکسی متیل) -3 و 5- دی متیل پیریدینیوم، 2- (کربوکسی متیل) ایزوکینولینیوم، برمواستیک اسید، 1- (کربوکسی متیل) کینولینیوم، 1-(کربوکسی متیل) پیریدینیوم) با مولکول DNA بررسی و انرژی برهم¬کنش و نحوه¬ی اتصال آن¬ها با یکدیگر به روش داکینگ¬مولکولی مقایسه شد. جهت مطالعه¬ی نحوه¬ی برهم¬کنش و میزان انرژی اتصال ترکیبات در مولکول DNA، ابتدا ساختار سه¬بعدی ترکیبات و مولکول DNA به ترتیب از پایگاه¬های PubChemو PDB به دست آمد. سپس هرکدام از ترکیبات توسط نرم¬افزار Hyperchem از نظر انرژی بهینه شدند. مطالعات داکینگ به وسیله¬ی نرم¬افزار AutoDock4.2 انجام گرفت و برای به دست آوردن پارامتر¬های لیپینسکی و خصوصیات فیزیکوشیمایی هر یک از ترکیبات، از سرور Swiss ADME استفاده شد. طبق نتایج به دست آمده از شبیه¬سازی، هر 7 مشتق استیک¬اسید می¬توانند به طور پایداری از طریق ایجاد پیوندهای هیدروژنی به شیار کوچک مولکول DNA متصل شوند و تغییرات ساختاری را در این مولکول القا کنند. نوکلئوتیدهای گوانین و سیتوزین بیشترین نقش را در ایجاد برهم¬کنش دارند. هم¬چنین طبق نتایج داکینگ، ترکیب اول با عنوان 4- بنزیل-1- (کربوکسی متیل)- پیریدینیوم، دارای منفی ترین سطح انرژی (Kcal/mol 12/6-) و در نتیجه دارای بهترین انرژی اتصال بود. تمام ترکیبات از قانون لیپینسکی تبعیت می¬کنند و دارای خصوصیات فیزیکوشیمایی مناسب هستند. لذا می توان از آن¬ها به عنوان یک کاندیدای دارویی خوراکی مناسب، در درمان سرطان استفاده کرد لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=13983 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
24952	‭BIO gen ‭44	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت

بررسی بیوانفورماتیکی اثر مهاری دسته ای از مشتقات Tricostatin A در مهار آنزیم هیستون داستیلاز به عنوان ترکیبات ضد سرطانی (1402) / رضایی ، سمانه، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه رضایی ، سمانه، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭58 1402 عنوان : بررسی بیوانفورماتیکی اثر مهاری دسته ای از مشتقات Tricostatin A در مهار آنزیم هیستون داستیلاز به عنوان ترکیبات ضد سرطانی عنوان موازی : In silico study of some Tricostatin A derivatives inhibitory effects on histone deacetylase as anticancer compounds ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1402 صفحه شمار: 64ص شابک/شاپا 25585 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد :رشته ژنتیک شناسه افزوده : اسدزاده ، عزیزه، استاد راهنما توصیفگرها insilico ، Tricostatin A ، سرطان، هیستون داستیلاز  insilico, Tricostatin A, cancer, histone deacetylase چکیده : سرطان زمانی ایجاد می‌شود که سلول‌ها به صورت غیرطبیعی و خارج از کنترل تقسیم می‌شوند. بعضی از سرطان‌ها ممکن است در نهایت به بافت‌های دیگر گسترش یابند یا به اصطلاح متاستاز دهند. سرطان در مراحل اولیه با استفاده از دارو وشیمی درمانی قابل کنترل بوده است ولی مشکل این است که سرطان‌های مختلف توسط عوامل مختلفی ایجاد می‌شوند، بنابراین یک استراتژی وجود ندارد که بتواند از آنها جلوگیری کند. هم چنین سرطان می‌تواند از طریق تغییرات اپی ژنتیکی بوجود بیاید تغییرات اپی ژنتیک تغییرات عملکردی مرتبط با ژنوم است که توالی نوکلئوتید را تغییر نمی‌دهد. استیلاسیون و داستیلاسیون نمونه ای از تغییرات اپی ژنتیک هستند. هیستون د استیلاز ها دسته ای از آنزیم‌ها هستند که فرآیند افزودن گروه‌های استیل به بقایا لیزین روی پروتئین‌های هیستونی مثل هیستون H3 و هیستون H4 است. این فرآیند با تعادل بین هیستون استیل ترانسفرازها (HATs) و هیستون داستیلازها (HDACs) تنظیم می‌شود. استیلاسیون هیستون با شل کردن ساختار فشرده کروماتین، نقش مهمی در تنظیم بیان ژن ایفا می‌کند و باعث می‌شود که پروموتورهای ژن در دسترس فاکتورهای رونویسی قرار گیرند. بی نظمی آن با بیماری‌های مختلفی مانند سرطان، اختلالات عصبی و بیماری‌های قلبی عروقی مرتبط است. زمانی که سرطان ایجاد می‌شود سطح آنزیم‌های HDAC در سلول بالا می‌رود و داستیلاسیون هیستون، DNA1 را از دسترس فاکتورهای رونویسی دور می‌کند اضافه کردن مهار کننده هیستون د استیلاز مانند تریکواستاتین A به توده سرطانی باعث مهار آنزیم HDAC شده و توقف چرخه سلولی، مهار رگزایی، مهار رشد و متاستاز را به دنبال دارد. حال با توجه به این مکانسیم هدف از این بررسی، بررسی in silico اثر مهار کنندگی تریکواستاتین A در مهار آنزیم هیستون داستیلاز به عنوان ترکیبات ضد سرطانی است برای بررسی نحوه اتصال ترکیبات به جایگاه فعال آنزیم، ترسیم ساختار شیمیایی ترکیبات، بهینه سازی انرژی، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل‌های نهایی به ترتیب با نرم افزارهای DS Visualizer ،AutoDockTools ،Hyperchem ،ChemDraw استفاده شد. در بخشin silico ، تمامی ترکیبات مورد مطالعه قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بودند. در میان آنها بهترین نتایج مربوط به ترکیب (2E,4E,6R)-7- [4- (dimethylamino)phenyl] -4,6-dimethyl-7-oxohepta-2,4-dienamide دارای منفی‌ترین سطح انرژی، بالاترین تمایل اتصال به اسید آمینه‌های کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهم کنش مشابه با مولکول تریکواستاتینA است. حال در این مطالعه با توجه به گستردگی سرطان، به دنبال یک راه درمانی برای درمان سرطان از تریکواستاتین A و مشتقات آن استفاده شد و با توجه به تاثیری که در روند توقف چرخه سلولی مهار رشد سلولی و آپاپتوز و رگزایی دارند به عنوان ترکیبات ضد سرطانی در درمان سرطان‌های مختلف می‌توانند موثرباشند لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=14422 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
25585	‭BIO gen ‭58 1402	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت

طراحی واکسن مشترک علیه ویروسهای آنفولانزا (پروتئین های M1،HA) و SARS-COV-2 (پروتئین های M، E،S) با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک (1401) / جمالی ، شراره، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه جمالی ، شراره، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭27 عنوان : طراحی واکسن مشترک علیه ویروسهای آنفولانزا (پروتئین های M1،HA) و SARS-COV-2 (پروتئین های M، E،S) با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک عنوان موازی : Design of a common vaccine against influenza viruses (HA, M1 proteins) and SARS-COV-2 (M, E, S proteins) using bioinformatics tools ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1401 صفحه شمار: 107ص شابک/شاپا 24573 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد: رشته زیست شناسی سلولی مولکولی گرایش ژنتیک شناسه افزوده : آبکار ، مرتضی، استاد راهنما اسدزاده ، عزیزه، استاد مشاور توصیفگرها آنفولانزا، کووید-19، ویروس، اپی¬توپ، بیوانفورماتیک، واکسن  Influenza, COVID-19,Virus, Epitope, Bioinformatics, Vaccine چکیده : در بین عفونت‌های مختلف، عفونت‌های حاد دستگاه تنفسی (ARTIs) بیشترین میزان بروز و مرگ و میر را در جهان دارند. این عفونت ها توسط میکروارگانیسم های مختلفی مانند ویروس آنفولانزا و SARS-COV-2 ایجاد می شوند. تأثیر بالقوه آنفولانزا در کنار COVID-19 بر مرگ و میر، عوارض و ظرفیت خدمات بهداشتی یک نگرانی اصلی است، اگرچه اخیراً اطلاعات کمی در مورد تعامل بین این دو ویروس تنفسی بیماری زا شناخته شده است. بنابراین، نیاز فوری به طراحی و توسعه واکسن های کارآمد برای جلوگیری از موارد بیشتر این بیماری ها وجود دارد. در این مطالعه، یک واکسن جدید چند اپی توپی علیه آنفولانزا و عفونت‌های SARS-COV-2 طراحی شد. پروتئین های HA، M1 از ویروس آنفولانزا و پروتئین های S، E، M از ویروس SARS-COV-2 برای استفاده در ساختار واکسن آنالیز شدند. شناسایی اپی توپ سلول های B و T، به حداقل رساندن انرژی، پیش بینی پاسخ اینترفرون-گاما، حساسیت زایی، سمیت با استفاده از ابزارهای مختلف بیوانفورماتیک انجام شد. بهترین پپتیدها پس از داکینگ مولکولی انتخاب شدند. اپی توپ های انتخاب شده توسط پیوند دهنده های مناسب و ادجوانت برای ساخت واکسن چند اپی توپی ترکیب شدند. مدل سه بعدی کاندید واکسن توسط سرور I-TASSER تولید شد. بهینه¬سازی و ارزیابی این مدل توسط نقشه¬های راماچاندران و نرم‌افزار Swiss-pdb viewer مورد بررسی قرار گرفت. نتایج به دست ¬آمده نشان داد که واکسن طراحی شده غیر حساسیت زا، غیر سمی با پایداری و ایمنی زایی بالا است. در مجموع، انتظار می¬رود که واکسن چند اپی توپی جدید، واکسن مناسبی برای مقابله با آنفولانزا و عفونت های SARS-COV-2 باشد لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=13648 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
24573	‭BIO gen ‭27	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت

طراحی کاندید واکسن پلی اپی توپی جدید متشکل از پروتئین های M، N، E، S، PLpro و nsp13 علیه ویروس SARS-COV-2 (1401) / اوجی ، فاطمه، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه اوجی ، فاطمه، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭25 عنوان : طراحی کاندید واکسن پلی اپی توپی جدید متشکل از پروتئین های M، N، E، S، PLpro و nsp13 علیه ویروس SARS-COV-2 عنوان موازی : Designing a Candidate for a New Polyepitope Vaccine Consisting of M, E, N, S, PLpro and Nsp13 Proteins against SARS-COV-2 Virus ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1401 صفحه شمار: 94ص شابک/شاپا 24571 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد :رشته زیست شناسی سلولی -مولکولی گرایش ژنتیک شناسه افزوده : آبکار ، مرتضی، استاد راهنما اسدزاده ، عزیزه، استاد مشاور توصیفگرها ایمونوانفورماتیک، پیش بینی اپی توپ، کوید-19، ویروس SARS-COV-2، واکسن  Immunoinformatic, Epitope Prediction, COVID-19, SARS-COV-2 virus, Vaccine چکیده : همه گیری کووید-19 ناشی از ویروس SARS-COV-2 به طور غیرمنتظره ای بر سلامت جهانی تأثیر گذاشته است و از زمان شیوع SARS-COV-2 در دسامبر 2019 در ووهان چین، نرخ مرگ و میر را تسریع کرده است. در این وضعیت همه گیر، یک رویکرد ایمونو انفورماتیک می تواند یک گزینه سریع و قابل اعتماد برای توسعه سریعتر واکسن باشد. بنابراین هدف از این مطالعه طراحی بیوانفورماتیکی واکسن پلی اپی توپی علیه این ویروس با استفاده از پروتئین های M، N، E، S، PLpro و nsp13 می باشد. اپی توپ‌های سلول B خطی، لنفوسیت‌های T سیتوتوکسیک (CTL) و لنفوسیت‌های T کمکی (HTL) از Membrane، Spike، Envelope، Nucleoprotein، nsp13 و PLpro ویروس SARS-COV-2 پیش‌بینی شدند. اپی توپ‌ها برای ایمنی زایی، نمرات آنتی ژنی، آلرژی زایی و مطابقت سمیت با توانایی آنها برای تحریک پاسخ ایمنی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و انتخاب شدند. پس از اتصال مولکولی، نامزد واکسن با ترکیب بهترین اپی توپ‌ها توسط لینکرساخته شد. نتایج نشان داد که اندازه واکسن پلی اپی توپی طراحی شده 477 اسید آمینه است که شامل 6 اپی توپ CTL، 6 اپی توپ HTL و 15 اپی توپ سلول B همراه با پپتید هدف گیری به سمت سلول های دندریتیک است که از طریق لینکرهای مختلف به هم متصل شدند. توالی طراحی شده کاندیدای مناسبی برای واکسن از جهت پایداری و آنتی ژنیسیته، غیر آلرژی زایی و غیر سمی بودن برای بدن انسان است. در مجموع، نتایج نشان داد که کاندیدای واکسن طراحی‌شده می تواند پاسخ‌های ایمنی هومورال و سلولی را تحریک کند و می‌تواند یک کاندید بالقوه واکسن در برابر کووید-19 باشد لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=13646 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
24571	‭BIO gen ‭25	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت