رکوردهای مرتبط با این شخص

طراحی و ارزیابی ایمنوانفورماتیکی یک DNA واکسن چند ظرفیتی علیه عفونت APMV1 در طیور (1403) / حسینی ، زهرا، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه حسینی ، زهرا، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭73 1403 عنوان : طراحی و ارزیابی ایمنوانفورماتیکی یک DNA واکسن چند ظرفیتی علیه عفونت APMV1 در طیور عنوان موازی : Immunoinformatics design and evaluation of a multi-epitope vaccine against APMV1 infection poultry ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1403 صفحه شمار: 93ص شابک/شاپا 25812 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد :رشته ژنتیک شناسه افزوده : صادقیان ، طاهره، استاد راهنما نصرتی ، مختار، استاد راهنما توصیفگرها ویروس نیوکاسل، واکسن DNA، چند اپی توپی، پروتئین Fusion, پروتئین HN  Newcastle disease virus, DNA vaccine, multi-epitope, Fusion protein, HN protein. چکیده : مقدمه: بیماری نیوکاسل (ND) یکی از تهدیدات جدی برای صنعت پرورش طیور است که خسارات اقتصادی قابل‌توجهی به همراه دارد. با توجه به ناکارآمدی برخی واکسن‌های سنتی در برابر سویه‌های جدید، توسعه واکسن‌های چنداپی‌توپی می‌تواند رویکرد مؤثری در مقابله با این بیماری باشد. بیوانفورماتیک به عنوان یک ابزار قدرتمند در طراحی واکسن‌های نوین، می‌تواند با استفاده از تحلیل داده‌های ژنتیکی و پروتئینی به شناسایی اپی‌توپ‌های مؤثر و طراحی واکسن‌های هدفمند کمک کند. این روش‌ها علاوه بر کاهش هزینه‌ها و زمان تولید واکسن، دقت و اثربخشی واکسن‌ها را افزایش می‌دهند. روش کار: در این پژوهش، ابتدا اپی‌توپ‌های ایمنی‌زای B و T پروتئین‌های F و HN از طریق پایگاه داده IEDB شناسایی شدند. سپس این اپی‌توپ‌ها بر اساس ایمنی‌زایی، آلرژن‌زایی و پایداری ساختاری با کمک نرم‌افزارهای VaxiJen، AllerTOP و Pepcalc ارزیابی شدند. قابلیت اتصال اپی‌توپ‌های منتخب به مولکول‌های MHC-I و MHC-II از طریق ابزار NetMHC بررسی شد. مدل‌سازی سه‌بعدی واکسن پیشنهادی با استفاده از Swiss-Model انجام شد. همچنین، برهم‌کنش واکسن با گیرنده‌های ایمنی توسط داکینگ مولکولی با ابزار آنلاین HDock انجام شد و سپس طراحی واکسن با کمک C-IMMSIM بهینه‌سازی گردید. نتایج: 227 مورد از اپی‌توپ‌های B و 386 مورد از اپی‌توپ‌های T پروتئین F، 290 مورد از اپی‌توپ‌های B و 381 مورد از اپی‌توپ‌های T پروتئین HN پیش‌بینی گردید و 5 مورد از اپی‌توپ‌های B و 8 مورد از اپی‌توپ‌های T پروتئین F، 9 مورد از اپی‌توپ‌های B و 5 مورد از اپی‌توپ‌های T پروتئین HN پس از غربالگری انتخاب شدند. پس از شناسایی اپی‌توپ‌ها، خصوصیت آن‌ها از نظر آلرژنیسیته و آنتی‌ژنیسیته و حلالیت بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیه‌وتحلیل انرژی اتصال نشان داد که اپی‌توپ‌های منتخب از پروتئین‌های F و HN دارای تعاملات قوی و پایداری با مولکول‌های MHC-I و MHC-II هستند. مقادیر انرژی اتصال در محدوده‌ای قرار داشت که نشان‌دهنده میل ترکیبی بالای این اپی‌توپ‌ها به مولکول‌های ارائه‌دهنده آنتی‌ژن است. نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج این تحقیق، یک واکسن DNA چند‌اپی‌توپی مبتنی بر پروتئین‌های F و HN برای مقابله با ویروس نیوکاسل طراحی شد. بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که این واکسن می‌تواند به‌طور هم‌زمان سیستم ایمنی هومورال و سلولی را تحریک کند. با توجه به نتایج حاصل، واکسن پیشنهادی پتانسیل بالایی برای پیشگیری از بیماری نیوکاسل در طیور دارد و می‌تواند در آینده مورد ارزیابی‌های آزمایشگاهی و بالینی قرار گیرد لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=14648 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
25812	‭BIO gen ‭73 1403	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت

طراحی و ارزیابی ایمونوانفورماتیکی یک mRNA واکسن چند اپی‌توپی علیه سویه‌های باکتریایی مولد مسمومیت غذایی شامل سالمونلا انتریکا، لیستریا مونوسیتوژنز و کمپیلوباکتر ژژونی (1403) / اکبری ، فائزه، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه اکبری ، فائزه، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭71 1403 عنوان : طراحی و ارزیابی ایمونوانفورماتیکی یک mRNA واکسن چند اپی‌توپی علیه سویه‌های باکتریایی مولد مسمومیت غذایی شامل سالمونلا انتریکا، لیستریا مونوسیتوژنز و کمپیلوباکتر ژژونی عنوان موازی : Immunoinformatic design and evaluation of a multi-epitope vaccine mRNA against food poisoning bacterial strains including Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Campylobacter jejuni ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1403 صفحه شمار: 250ص شابک/شاپا 25810 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد :رشته ژنتیک شناسه افزوده : نصرتی ، مختار، استاد راهنما صادقیان ، طاهره، استاد راهنما توصیفگرها مسمومیت غذایی، بیوانفورماتیک، mRNA واکسن چند اپی‌توپی  food poisoning, bioinformatics, multi-epitope vaccine mRNA چکیده : هدف تحقیق: مسمومیت غذایی، به طیف وسیعی از بیماری‌ها اشاره دارد که ناشی از مصرف غذاهای آلوده است. عوامل بیماری‌زا شامل باکتری‌ها، ویروس‌ها، انگل‌ها و تک‌یاخته‌ها هستند. هدف پژوهش حاضر، طراحی بیوانفورماتیکی یک واکسن چند اپی توپی علیه سویه‌های باکتریایی مولد مسمومیت غذایی با کارایی بالاتر نسبت به واکسن های موجود، هزینه کمتر و تولید آسان‌تر است. روش تحقیق: در این مطالعه، ابتدا آنتی‌ژن‌های هدف با استفاده از سرور VFDB شناسایی و سپس توالی پروتئین آن‌ها برای نقشه‌برداری اپی‌توپ‌های خطی B و T با سرورهای IEDB و TepiTool استفاده شد. پس از غربال‌گری، بهترین اپی‌توپ‌ها برای طراحی ساختار مرکزی واکسن انتخاب شدند. ساختار سه‌بعدی واکسن با سرور Swiss Model تولید و با The ReFOLD بهبود یافت. همچنین، ساختار سه‌بعدی اپی‌توپ‌های فضایی B با Ellipro به دست آمد و خصوصیات فیزیکوشیمیایی با ProtParam و PepCalc بررسی شد. در ادامه، کارایی واکسن با سرور HDock ارزیابی و فعالیت آن در سیستم ایمنی با C-IMMSIM پیش‌بینی شد. در نهایت، توالی واکسن به DNA و سپس به mRNA تبدیل و ساختار دوبعدی mRNA با UTRdb ایجاد گردید. یافته‌ها: نتایج مطالعه نشان داد که در مرحله اول، اپی‌توپ‌های B و T با استفاده از آنتی‌ژن‌های خاص باکتریایی (phoQ، actA و cadF) شناسایی شدند. سپس با بهره‌گیری از بهترین اپی‌توپ‌ها و ادجوانت RS09، به همراه لینکرهای KK،GPGPG،EAAAKوAAY، ساختار نهایی واکسن طراحی گردید. این واکسن از نظر خصوصیات فیزیکوشیمیایی و خواص ایمونولوژیکی قابل قبول است و به دلیل غیرآلرژی‌زا بودن و عدم سمیت، عوارض جانبی برای میزبان ایجاد نمی‌کند. همچنین، واکسن پایدار و محلول بوده و دارای میل اتصال و پایداری خوبی با رسپتورهای MHC-I، MHC-II، TLR2 و TLR4-human است. تحلیل‌های انجام شده نشان می‌دهد که واکسن می‌تواند پاسخ ایمنی هومورال و سلولی را ایجاد کند. به‌ویژه، جمعیت لنفوسیت‌های B و تعداد لنفوسیت‌های T-helper CD4 و T سیتوتوکسیک CD8 به خوبی تحت تأثیر واکسن قرار می‌گیرند. این ویژگی‌ها نشان می‌دهد که این واکسن می‌تواند به‌عنوان جایگزینی برای واکسن‌های موجود مورد استفاده قرار گیرد بدون اینکه عوارض جانبی داشته باشد. در نهایت، با تبدیل توالی واکسن به توالی mRNA، ساختار دوبعدی mRNA با ΔG منفی به دست آمد که نشان‌دهنده پایداری و خودبه‌خود بودن واکنش است. با این حال، تأیید نهایی این نتایج نیازمند آزمایشات عملی و ایمونولوژیکی بیشتر است. نتایج: بنابراین به نظر می‌رسد که ساختار تولید شده در این تحقیق می‌تواند به عنوان واکسن چند اپی‌توپی علیه سویه‌های باکتریایی مولد مسمومیت غذایی در تحقیقات آینده مورد استفاده قرار گیرد لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=14646 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
25810	‭BIO gen ‭71 1403	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت

طراحی و ارزیابی محاسباتی یک DNA واکسن چند ظرفیتی جهت ایمنی‌زایی متقاطع علیه سویه‌های مختلف سالمونلا (1403) / غیاثی ، امیرحسین، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه غیاثی ، امیرحسین، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭72 1403 عنوان : طراحی و ارزیابی محاسباتی یک DNA واکسن چند ظرفیتی جهت ایمنی‌زایی متقاطع علیه سویه‌های مختلف سالمونلا عنوان موازی : Insilico Design and evaluation of a multivalent DNA vaccine for cross-protection against different strains of Salmonella spp ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1403 صفحه شمار: 202ص شابک/شاپا 25811 یادداشت پایان نامه کارشناسی ارشد :رشته ژنتیک شناسه افزوده : نصرتی ، مختار، استاد راهنما صادقیان ، طاهره، استاد راهنما توصیفگرها بیوانفورماتیک، واکسن، سالمونلا، چند اپی‌توپی، آنتی‌ژن fimH، Rck، cdtB  Bioinformatics, vaccine, Salmonella, multi-epitope, antigen fimH, rck, cdtB. چکیده : مقدمه: سالمونلا که می توانند از طریق غذا یا آب آلوده به آن به انسان و حتی حیوانات انتقال پیدا کند عامل ایجاد بیماری‌های گاستروانتریت، تب حصبه و باکتریمی می شود. آن‌جایی که کنترل عفونت سالمونلا به دلیل ظهور گونه‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک و اثر نامطلوب آن بر پاسخ ایمنی، دشوار است. توسعه یک واکسن علیه سویه های مختلف آن ضروری است. روش کار: در این روش تحقیق ابتدا با سایت IEDB اپی‌توپ‌های خطی T و B محدود به MHC-I و MHC-II توسط سایت VFDB استخراج و بررسی می‌کنیم و سپس اپی‌توپ‌ها را توسط سایت VaxienV2.0 ، AllerTopو Pepcalc از نظر آنتی‌ژنسیته، آلرژنسیته و حلالیت غربال می‌کنیم. اپی‌توپ‌های منتخب را به‌وسیله لینکرهای AAY جهت اتصال ادجوانت‌ها به سیگنال پروتئین، KK جهت اتصال اپی‌توپ‌ها به یکدیگر، EAAAK جهت اتصال اپی‌توپ‌ها با ادجوانت و GPGPG جهت اتصال بین دو دمین و ادجوانت‌هایی با شماره دسترسی POC825 و O15263 در ساخت هسته واکسن به کار می‌بریم و سپس ساختار واکسن را جهت بررسی ساختار سوم توسط سایت Swissmodel، مدل بهبود یافته توسط سایت Refold، اپی‌توپ فضایی B توسط سایت Elipro، داکینگ مولکولی توسط HDOCK، خاصیت فیزیکوشیمیایی توسط سایت Protparam ارزیابی و توالی واکسن را در سیستم ایمنی توسط سایت C-IMMSIM بررسی و پیش‌بینی می‌کنیم و پس از آن توسط سایت VectorBuilderتوالی آمینواسیدی به توالی DNA ترجمه می‌کنیم و بعد در وکتور کلون می کنیم لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=14647 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
25811	‭BIO gen ‭72 1403	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت

غربالگری و ارزیابی قابلیت ضد سرطانی پپتیدهای مشتق از زهر زنبور عسل علیه سرطان سینه با استفاده از روش یادگیری ماشین، محتوی آمینواسید کاذب و داکینگ مولکولی (1403) / ایزدی ، فاطمه، نویسنده

نوع مدرک: متون چاپی سرشناسه ایزدی ، فاطمه، نویسنده شماره بازیابی : ‭BIO gen ‭77 1403 عنوان : غربالگری و ارزیابی قابلیت ضد سرطانی پپتیدهای مشتق از زهر زنبور عسل علیه سرطان سینه با استفاده از روش یادگیری ماشین، محتوی آمینواسید کاذب و داکینگ مولکولی عنوان موازی : Screening and evaluating the anticancer potential of peptides derived from bee venom against breast cancer using machine learning methods, false amino acid content and molecular docking ناشر: دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی: اصفهان سال نشر : 1403 صفحه شمار: 137ص شابک/شاپا 25937 یادداشت پایان نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد (M.Sc.): رشته ژنتیک شناسه افزوده : نصرتی ، مختار، استاد راهنما صادقیان ، طاهره، استاد راهنما توصیفگرها پپتید زهرزنبورعسل ، پپتید ضد سرطان سینه ، داکینگ ملکولی، یادگیری ماشین  Bee venom peptide, anti-breast cancer peptide, molecular docking, machine learning چکیده : امروزه سرطان به دومین عامل اصلی مرگ و میر تبدیل شده است. پپتیدهای ضدسرطانی (ACPs) میتوانند از تکثیر یا مهاجرت سلول های تومور جلوگیری کنند و احتمال کمتری برای ایجاد مقاومت دارویی دارند. زهرزنبور عسل مخلوطی از ترکیبات فعال بیولوژیکی مانند آنزیم ها، پپتیدها و آمین ها است. هدف ما در این پژوهش غربالگری و ارزیابی قابلیت ضدسرطانی پپتید های مشتق از زهر زنبور عسل علیه سرطان سینه ¬با استفاده از روش یادگیری¬ ماشین، ¬محتوی آمینواسید¬ کاذب و داکینگ مولکولی است بنابراین از چندین نرم افزار بیوانفورماتیکی و همچنین روش یادگیری ماشین برای تهیه ی کتابخانه پپتیدی شامل ACP و non-ACPها و بررسی پپتیدها از نظر خصوصیات فیزیکو شیمیایی و... برای بدست آوردن پپتیدهای مدنظر استفاده گردید. پپتیدهایی که از یادگیری ماشین به عنوان ضدسرطان پیش بینی شدند توسط نرم افزارHPEPDOCK انرژی اتصالشان به رسپتور ها بررسی شد و نتایج نشان داد که 50 درصد پپتیدها با پروتئین HER2 برهمکنش دارند و بعد از آن پپتیدها بیشترین برهمکنش را با پروتئین p27 دارند. زهر زنبور عسل ، به‌ویژه در زیر گروه‌های سرطان سینه که در اثر بیان بیش از حدHER2 ایجاد می شوند، به شدت باعث مرگ سلولی می‌شوند.. پپتیدهایی که ما به کمک روش یادگیری ماشین بدست آوردیم نیز HER2، همچنین CDK4 و CDK6 (CDK4/6) را در سلول‌های تومور سینه هدف قرار می دهند و پپتید IFYGSIMFSMTQVNK ، بیشترین برهمکنش را با دو پروتئین N8Z1 و پروتئین 6p8g دارند. باتوجه نتایج بدست آمده از مطالعه ی فعلی و مطالعات صورت گرفته می توان بیان کرد بین استفاده از پپتیدهای ضد سرطان زهر زنبور عسل در درمان سرطان سینه تاثیر بسزایی دارد، همچنین استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و یادگیری ماشین به پژوهشگران در دقت شناسایی پپتیدهای ضدسرطان در زمان کوتاه تر و با هزینه ی کمتر، بسیار کمک کننده می باشد لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=14773 زبان مدرک : فارسی

 فهرست موجودی مدرک

شماره ثبت	شماره بازیابی	نام عام مواد	محل نگهداری	بخش	وضعیت ثبت	وضعیت امانت
25937	‭BIO gen ‭77 1403	پایان‌نامه	دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی	مرکزی	اسناد مرجع	غیر قابل امانت